日本では公務員として航空機を操縦するパイロットも活躍している。その中で毎年定期的にパイロット要員の募集を行っているのが国土交通省の外局である海上保安庁だ。海上保安庁の業務は、海上交通の安全確保、海上災害の防止、捜索救助活動、海洋汚染の防止、環境保全、海洋調査、航路標識の維持管理、領海内の外国船の監視・取り締まりなど多方面にわたっており、船艇とともに航空機の果たす役割は大きい。
その採用の核は海上保安学校の航空課程で、毎年25名程度が募集されている。年齢制限は高卒後5年以内の人なので、大学に進学した人や社会人となった人にも受験のチャンスはある。入校後は1年間の基礎教育を受けた後、回転翼と固定翼に分かれて飛行訓練が行われライセンスを取得する。また、海上保安大学校卒業者からも毎年2名程度がパイロット要員に選抜されるほか、近年は運輸大臣が交付した飛行機または回転翼航空機の事業用操縦士技能証明と第一種航空身体検査証明を有する有資格者を対象とした「航空機職員」の採用も行われている。
空からパトロールを行っている全国の警察の航空隊と各都道府県や市の消防防災航空隊でもヘリパイロットが活躍している。その採用の基本は警察官、消防官の庁内選抜で、選抜された人は養成訓練校での委託訓練でライセンスを取得する。しかし庁内選抜がいつ実施されるか不確実なうえ、第一種航空身体検査基準に合致することが前提となるので、警察官や消防官なになっても必ずパイロットになれるわけではない。
一方、警察と消防では事業用操縦士回転翼技能証明を取得している有資格者を対象にした募集が増えている。特に消防防災ヘリは地震や台風などの自然災害が頻発するようになり、その活動頻度は増してきた。また、民間の航空機使用事業会社に運用を委託するケースも増えており、回転翼航空機の事業用操縦士技能証明を取得した有資格者の採用は今後さらに活発化することが予想されている。
日本の民間航空を司る行政機関の国土交通省航空局にも操縦職職員、つまりパイロットが所属しており、航空保安施設等の飛行検査、ライセンス取得時の試験官や査察官、新型機の型式証明取得のための試験飛行などを行っている。その採用は航空大学校卒業者や航空大学校の教官経験者、エアラインの機長経験者などを対象に実施している。
